こんな風になったことは無いだろうか？
これの原因は、トポロジー頂点が、ベースメッシュの内部に入り込んでいることらしい（Ｍｏｖｅ等で微調整した時になるのでしょう）
穴ができる部分のトポロジー頂点を少しベースの表面から放すように、Ｍｏｖｅツールで移動させて修整しましょう
ビフォアアフター
全部やるのは大変なので、大きな面だけこの方法で修整して、小さい点のようなやつは、きりが無いので後でスムースブラシなどで撫でて消した方が楽だと思う
ベースメッシュと新たに作ったスキンを重ねて、ZProjectブラシでゴシゴシやって凹みを浮き上がらせる方法もあるよ
